Niewiele dziś wiadomo o populacji kobów białouchych i tiangów, których migracje przed wojną domową należały do największych.
Flora thumb|Trzcina W Kotlinie Nilu Białego występują suche sawanny ze skąpymi trawami i niskimi akacjami, a na południowym zachodzie bujne sawanny z wysokimi trawami i okazałymi drzewami. Wzdłuż rzek znajdują się lasy galeriowe. Rozległe bagna As-Sudd i Machar są porośnięte trzciną i papirusem.
Ekologia thumb|upright=1.3|Obszary chronione w Sudanie Południowym
Ochrona środowiska W roku 2006 prezydent Autonomicznego Regionu Sudanu Południowego Salva Kiir Mayardit ogłosił, że władze uczynią wszystko dla ochrony i rozpowszechniania wiedzy o florze i faunie regionu oraz że zrobią wszystko, co leży w zakresie ich możliwości, by zmniejszyć skutki pożarów, nielegalnego wywożenia odpadów i zanieczyszczania wód bieżących i gruntowych. Jak we wszystkich krajach rozwijających się, środowisku zagraża rozwój gospodarki i uprzemysłowienie.
Obszary chronione W Sudanie Południowym znajdują się rezerwaty utworzone dla ochrony fauny, głównie dużych zwierząt kopytnych i słoni.