W sierpniu 1939 wyjechał do Lwowa, gdzie kończył się druk jego podręcznika dogmatyki Prawdy katolickie.

Podczas pobytu w Warszawie zastała go II wojna światowa. Został zatrzymany przez Niemców jako zakładnik, ale po kilku tygodniach opuścił więzienie. Nie mógł pojechać do Gostynia, z uwagi na granice wprowadzone przez okupanta, udał się więc do Studzianny, gdzie przybył 9 marca 1940. W kwietniu 1940 został, wraz z czterema innymi filipinami, aresztowany w związku z podejrzeniem o współpracę z partyzantami Henryka Hubala Dobrzańskiego (w istocie kapelanem Hubalczyków był kapłan ze Studzianny). Dzięki negocjacjom Wasilkowskiego, który perfekcyjnie władał językiem niemieckim, księży wkrótce zwolniono. Latem 1942 otrzymał zezwolenie na wyjazd do Sławkowa, do matki, ale w pociągu zaraził się tyfusem plamistym. Został umieszczony w szpitalu w Opocznie, gdzie zmarł. Pochowany został na cmentarzu w Studziannie.

Był posiadaczem obfitego księgozbioru, liczącego około 1500 tomów, który uległ zagładzie lub rozproszeniu w czasie II wojny światowej.