Jan Chrabąszcz został odznaczony Krzyżem Walecznych, jako jeden z 29 kapelanów Wojska Polskiego.
Po uniknięciu internowania w Oflagu VII A Murnau wrócił do swojej parafii, która znajdowała się na terenach okupowanych przez Związek Radziecki. Wkrótce został rozpoznany przez agentów NKWD jako były kapelan wojskowy oraz oficer i celem uniknięcia aresztowania wyjechał do Łap koło Białegostoku, gdzie się ukrywał.
Zsyłka do Komi W kwietniu 1940 został aresztowany i uwięziony w Białymstoku. W grudniu tego roku został wywieziony, wraz z innymi księżmi, do łagru Uchto–Iżemskiego w Republice Komi, w Związku Radzieckim.
Armia Polska na Wschodzie Z łagru został zwolniony w wyniku tzw. amnestii dla Polaków z lipca 1941. Dotarł do Armii Polskiej na Wschodzie tworzonej w ZSRR pod dowództwem gen. Władysława Andersa w Buzułuku (obwód orenburski). Został kapelanem 6 Lwowskiej Dywizji Piechoty, 17 Pułku Piechoty. Składając dokumenty przed komisją wojskową ks. Jan Chrabąszcz po raz pierwszy użył nazwiska Chrobeński, mimo że dokument zwolnienia z łagru był wystawiony na nazwisko właściwe – Chrabąszcz.