Tam poznała członków Indyjskiej Armii Narodowej (Azad Hind Fauj]) Subhas Czandra Bose.
Okres wojny thumb|Lakshmi Swaminathan z członkami Indyjskiej Armii Narodowej, 1940 Po poddaniu Singapuru przez Brytyjczyków Japonii w 1942 roku pomagała rannym jeńcom wojennym. Wielu z nich pragnęło utworzenia indyjskiej armii niepodległościowej. Dążenia te doprowadziły do powstania Indyjskiej Armii Narodowej (INA) od przywództwem generała Mohana Singha, jednak nie otrzymała ona aprobaty ze strony okupujących wojsk japońskich. 2 lipca 1943 roku przybył do Singapuru Netaji Subhash Chandra Bose, aby kierować INA. Doktor Lakshmi Sahgal poprosiła o spotkanie z nim w wyniku czego otrzymała mandat na założenie pułku kobiecego Rani Jhansi, do którego kobiety chętnie wstępowały. Jej regiment był wyjątkowo aktywny na froncie i na polu medycznym. Sama Sahgal otrzymała stopień pułkownika. Na stałe przylgnęło do niej określenie „Kapitan Lakshmi” i do końca życia tak właśnie zwracało się do niej wiele osób.
W grudniu 1944 roku INA maszerowała z armią japońską do Birmy, ale w marcu 1945 roku, gdy fala wojny zwróciła się przeciwko nim, kierownictwo INA zarządziło odwrót, zanim mogli wejść do Imphal. Kapitan Lakshmi została aresztowana przez armię brytyjską w maju 1945 roku.