Od 1996 był członkiem Zespołu do Spraw Spółek Handlowych przy Komisji Kodyfikacyjnej Prawa Cywilnego (pozostali członkowie: Stanisław Sołtysiński, Janusz Szwaja – do 1999, Andrzej Szumański – od 1999), w ramach którego w 1997 i 1999 przedstawiono dwa projekty Kodeksu spółek handlowychStanisław Włodyka Źródła prawa spółek handlowych, w: Prawo spółek handlowych. System Prawa Handlowego. Tom 2A, wyd. C.H. Beck, s. 10..
W 1994 był autorem pierwszego od kilkudziesięciu lat polskiego opracowania prawa spółek handlowych. Był pomysłodawcą oraz współautorem (wraz ze Stanisławem Sołtysińskim i Januszem Szwają) pierwszego w czasach powojennych komentarza do Kodeksu handlowego, a później (wraz ze wspomnianymi i Andrzejem Szumańskim) pierwszego komentarza do Kodeksu spółek handlowych. Był również pomysłodawcą, inicjatorem, a zarazem organizatorem „Systemu Prawa Prywatnego”, na którego redaktora naczelnego (jako Dyrektor Instytutu Nauk Prawnych PAN) powołał Zbigniewa Radwańskiego – wspólnie dokonywali wyboru składu osobowego i tematyki poszczególnych tomów. mały|335x335px|Grób profesora Andrzeja Szajkowskiego na Cmentarzu Bródnowskim. Był autorem m.in. prac: Postępowanie w sprawie udzielenia patentu (1974), Patent europejski (1974), Udzielanie ochrony patentowej (1979), Wynalazki wspólne.