W pierwszej połowie XIX wieku zgodnie z zaleceniami Wilhelma von Humboldta nastąpiła reforma sposobu kształcenia uniwersyteckiego, poprzez połączenie badań i nauczania. W 1824 roku został zbudowany szpital uniwersytecki. Pod koniec XIX wieku liczba studentów przekroczyła tysiąc. Podczas pierwszej wojny światowej większość studentów została powołana do wojska, dlatego liczba studentów spadła do 300. W 1928 roku z wydziału nauk przyrodniczych wyodrębniono Wydział Nauk Humanistycznych i Społecznych.
Podczas II wojny Erlangen nie zostało zniszczone, dlatego szybko wznowiono naukę, a liczba studentów rosła dochodząc do 5000 w 1947 roku. W latach 50. XX wieku gwałtownie spadła i pod koniec dziesięciolecia uniwersytet był najmniejszym w RFN. W 1962 roku za zgodą parlamentu bawarskiego w Erlangen powstaje wydział inżynierii.
W 2018 roku uniwersytet zajął 5. miejsce w rankingu 100 najbardziej innowacyjnych uniwersytetów w Europie według agencji ReutersaRanking 100 najbardziej innowacyjnych uniwersytetów w Europie agencji Reuters, centrumprasowe.pap.pl [dostęp 2019-06-14]..