thumb|left|Pierwszy mecz Bayernu przeciwko 1. FC Nürnberg w 1901 roku Bayern od początku istnienia nie tylko dobrze radził sobie z miejscowymi rywalami, ale z powodzeniem rywalizował południowych mistrzostwach Niemiec docierając w 1901 roku do półfinału. W 1902 roku drużyna Bayernu zdobyła swoje pierwsze trofeum, którym był Puchar Bayernu (turniej o nieoficjalne mistrzostwo miasta zorganizowany przez Franza Johna). Niedługo po tym Franz John pokłócił się z członkami klubu opuścił Bayern i wrócił do Berlina gdzie przez dwa lata był prezydentem swojej poprzedniej drużyny, a następnie otworzył zakład fotograficzny. Z okazji 25 lecie istnienia Bayernu Franz John został wybrany na honorowego prezydenta klubu.
Następcą Johna w 1903 roku został Holender , który w czasie swojej prezydentury uzyskał doktoraty z chemii i filozofii. Charakterystyczną cechą tamtych lat było to, że w Bayernie mogli występować jedynie ci piłkarze, którzy ukończyli co najmniej szkołę średnią. Niebawem Bayern zdobył pierwszy przydomek „Klub kawalerów”, ze względu na przywiązanie do tradycji oraz gustownych strojów, w których występował. W pierwszym dziesięcioleciu funkcjonowania pojawił się drugi przydomek Bayernu.