MKD organizuje spotkania autorskie i premiery książkowe, otwarte i dla grup zorganizowanych. W siedzibie biblioteki odbywają się wystawy malarskie, książkowe oraz sesje i seminaria naukowe. Istotną część działalności są lekcje dla uczniów oraz studentów m.in. filologii, bibliotekoznawstwa oraz pedagogiki. MKD obejmuje swoim patronatem konkursy oraz konferencje naukowe poświęcone literaturze dziecięcej i młodzieżowej. W latach 2009–2017 Muzeum Książki Dziecięcej organizowało Konkurs Literatury Dziecięcej. Jego patronką została Halina Skrobiszewska, kierowniczka Muzeum w latach siedemdziesiątych XX wieku, autorka prac badawczych z zakresu literatury dla młodego czytelnika. Nagrodzone i wyróżnione tytuły trafiają na Listę Skarbów Muzeum Książki Dziecięcej. Natomiast od 2019 roku MKD jest organizatorem Nagrody Biblioteki na Koszykowej „Laur imienia Joanny i Jana Kulmów” przyznawanej w dwóch kategoriach: popularyzacji czytelnictwa oraz twórczości.
MKD współpracuje m.in.