Monarchii a miejscowa ludność zaprzestała walki zbrojnej z okupantem. W wyniku tej operacji zginęło około 5000 żołnierzy Monarchii. Początkowo Trójjedyne Królestwo Chorwacji, Slawonii i Dalmacji, jeden z krajów Korony Świętego Stefana wystosowało petycję do Franciszka Józefa o dołączenie tego terytorium do Trójjedynego Królestwa, lecz w wyniku protestu Węgier petycja została odrzucona. W związku z okupacją Bośni, terytorium to stało się przedmiotem sporu pomiędzy rządem Austrii i Węgier a miejscową ludnością. Najbardziej widoczny konflikt był na terenie Hercegowiny z której to odbywała się wielka imigracja ludności muzułmańskiej do Imperium Osmańskiego. W związku z brakiem pomysłu co do przynależności prowincji do Austro-Węgier, terytorium było zarządzane przez ministerstwo spraw zagranicznych Austro-Węgier, a następnie przez ministerstwo finansów Austro-Węgier. Do 1882 roku faktyczna władza w prowincji należała do wojskowego dowódcy sił okupacyjnych, lecz w wyniku powstania miejscowej ludności, które było związane z obowiązkiem poboru do armii cesarsko-królewskiej w Hercegowinie, tego samego roku wojskowy gubernator został zastąpiony cywilnym. Został nim Austriak Johann von Appel. Mimo okupacji nie wprowadzono tam dużych zmian społecznych czy gospodarczych, panował tam dalej system turecki.