Po zajęciu Słowacji przez Armię Czerwoną w 1945 szybko popadł w konflikt z nowymi, komunistycznymi władzami. Spędził siedem miesięcy w więzieniu. Po jego uwolnieniu konflikt biskupa z władzami świeckimi zaostrzył się na tle walk o ocalenie szkół katolickich oraz ekskomunikacji księży głoszących poglądy komunistyczne. W 1950 bp Vojtaššák został ponownie aresztowany i poddany nieludzkim metodom przesłuchań. 15 stycznia 1951 w procesie pokazowym w Bratysławie wraz z biskupami Peterem Pavolem Gojdičem oraz Michalem Buzalką został skazany za zdradę i szpiegostwo na 24 lata więzienia, konfiskatę mienia i wysoką grzywnę.
W 1963 roku został warunkowo zwolniony. Zamieszkał wówczas u swojego bratanka w Orawskiej Leśnej, niedługo później został jednak zmuszony do opuszczenia Słowacji. Końcówkę życia spędził w Czechach, gdzie zmarł 4 sierpnia 1965. Pochowany został w rodzinnym Zakamiennym Klinie. Do końca życia oficjalnie pozostawał biskupem spiskim. Jego następcę udało się mianować dopiero w 1989. Z przyczyn politycznych nie mógł wziąć udziału w soborze watykańskim II.