Realizacja thumb|Ruiny klasztoru św. Brygidy, Tallinn thumb|Skały w Taevaskoja wykorzystane w plenerach filmu Film powstał w Estońskiej Socjalistycznej Republice Radzieckiej. Film został wyprodukowany w wytwórni Tallinnfilm, w czasie kiedy przedsiębiorstwa filmowe zostały znacjonalizowane i zinstrumentalizowane jako narzędzie propagandowe komunistycznego reżimu. Antyniemiecki i antyklerykalny ton Ostatniej relikwii pozostawał w zgodzie z polityczną koncepcją radzieckiego przemysłu filmowego.
Reżyserem filmu był estoński reżyser filmowy i teatralny Grigori Kromanov. Scenariusz napisał pisarz Arvo Valton. Film został nakręcony w ciągu kilku miesięcy od wiosny do jesieni 1969 roku. Role aktorów rosyjskich i łotewskich zostały zdubbingowane przez aktorów estońskich.
Znaczna część akcji rozgrywa się w klasztorze Pirita, poświęconego św. Brygidzie, leżącym nad rzeką Pirita (współcześnie w dzielnicy Tallinna Pirita). Oryginalne średniowieczne budynki klasztoru są obecnie ruinami i stanowią zabytek kultury. Po zakończeniu okupacji sowieckiej przywrócono strukturę organizacyjną wraz z zakonnicami.