W latach 1905–1907 był rektorem seminarium duchownego w Koszycach. W wyniku niemożności sprawowania urzędu biskupiego przez bpa Žigmunda Bubicsa 1 lutego 1906 bp Fischer-Colbrie został administratorem apostolskim diecezji koszyckiej, a 22 maja 1907, po śmierci bpa Bubicsa, bp Fischer-Colbrie został ordynariuszem koszyckim.
Jako biskup prowadził bardzo energiczną pracę duszpasterską. Odwiedzał każdą parafię przynajmniej raz na pięć lat i głosił kazania w języku słuchających go ludzi, również po słowacku, którego znajomość nie była powszechna wśród węgierskich biskupów służących na ziemiach słowackich. Wspierał instytucje i prasę katolicką oraz ruchy antyalkoholowe.
Za jego pontyfikatu wybuchła I wojna światowa i w jej konsekwencji doszło do zmiany granic, po której Koszyce oderwano od Węgier, a diecezja koszycka została przedzielona granicą państwową. W wyniku tych zmian założył wikariat w Sátoraljaújhely dla 49 parafii diecezji koszyckiej, które pozostały na Węgrzech. Sam pozostał w Koszycach mimo różnych niedogodności stwarzanych przez władze.