W październiku 1993 roku proboszcz Adolf Chojnacki wyjechał z Juszczyna i podjął pracę duszpasterską najpierw w Rumunii, a potem na Ukrainie. W 1993 roku proboszczem juszczyńskiej parafii został ks. Franciszek Truty. Z jego, a także wiernych inicjatywy działały bractwa różańcowe. 19 października 1997 roku ks. kardynał Franciszek Macharski dokonał konsekracji świątyni i ołtarza, przy którym złożył Najświętszą Ofiarę za budowniczych kościoła. Z okazji konsekracji świątyni obraz Matki Bożej Pocieszenia został odnowiony i osadzony w nowych drewnianych ramach z pozłacanymi dekoracjami. Ks. proboszcz Franciszek Truty odszedł na emeryturę w 2005 roku. Następnie funkcję proboszcza parafii w Juszczynie pełnił ks. Władysław Rusnak. Kontynuował on działalność duszpasterską swojego poprzednika. 5 sierpnia 2007 roku w kościele odprawiona została Msza Święta „Jubileuszowa” dziękczynna za dar 25-lecia kapłaństwa ks. proboszcza Rusnaka. Dwa dni później miało miejsce nabożeństwo, któremu przewodniczył ks. kard. Franciszek Macharski z okazji 25-lecia założenia parafii oraz 10 rocznicy konsekracji świątyni.