Silne represje wobec zielonoświątkowców i ich względnie wyzywający stosunek do władzy spowodowały powstanie stabilnych podziemnych struktur kościelnych i znaczy wzrost Kościoła. Gdy w 1991 roku Etiopia miała nowy rząd, zaczęto dostrzegać zwiększoną miarę pluralizmu religijnego. Na podstawie Konstytucji wprowadzono wolność religijną, oddzielono religię od państwa i nakazano rejestrację wszystkich organizacji religijnych. Zwiększona obecność wspólnot protestanckich na obszarach Etiopskiego Kościoła Ortodoksyjnego doprowadziła do wielu starć i zamieszek, w których siły rządowe zwykle chroniły zgromadzenia protestanckie.
Wzrost W spisie z 1984 r. 2,1 mln osób określiło się jako protestanci, co stanowiło 5,5% ogółu ludności. Do 1994 r. liczba ta wzrosła ponaddwukrotnie do 5,4 mln, czyli 10,2%. Do 2007 r. protestanci znów się podwoili wzrastając do 13,7 mln osób, czyli 18,5% populacji. Większość tego wzrostu pojawia się kosztem Kościoła prawosławnego, którego udział spadł z 54,0% w 1984 r. do 43,5% w 2007 r.