We wrześniu 2013 wraz z grupą innych działaczy Złotego Świtu został tymczasowo aresztowany pod zarzutem udziału w zabójstwie lewicowego rapera Pawlosa Fisasa. Zwolniony został po osiemnastu miesiącach w marcu 2015. Orzeczono wówczas wobec niego na czas postępowania m.in. zakaz opuszczania kraju. W toku postępowania ustalono m.in., że w noc zabójstwa Janis Lagos prowadził szereg rozmów z osobami z kręgu partii, w tym z Nikolaosem Michaloliakosem. W październiku 2013 ujawniono także raport greckiego wywiadu, w którym służba ta opisywała jego udział w stręczycielstwie, ochronie klubów nocnych, szantażach i nielegalnym posiadaniu broni palnej.
W wyborach w 2019 Janis Lagos został wybrany do Parlamentu Europejskiego IX kadencji. W tym samym roku wystąpił ze swojego ugrupowania. W listopadzie 2019 założył nacjonalistyczną partię ELASΥN, której prezesem pozostawał do marca 2021 (partię tę zlikwidowano w 2023). W styczniu 2020 podczas debaty na forum PE rozerwał flagę Turcji, oskarżając ten kraj o wysyłanie nielegalnych imigratów do Grecji. Spotkało się to z publiczną krytyką m.in.