Wkrótce satelita przesłał fotografię, w którym Godzilla zaatakował obiekt zidentyfikowany potem jako Meganulę, która złożyła jajo i obecnie znajdowała się pod wodą w dotkniętej powodzią Shibuyi. Obecnie tam były również tysiące Meganulonów, które przeobraziły się w Meganule. Rój po zaatakowaniu Godzilli na wyspie Kiganjima i wyssaniu części jego energii przekazał ją swej królowej, jednocześnie poświęcając swe życie.
Megaguirus nocą wylęgła się ze swego kokonu jako potworna hybryda Godzilli i Meganuli, po czym zaatakowała dalsze dzielnice Tokio. Wśród ludzi będących na miejscu ataku był Hajime Kudo, który trafił do szpitala. Opisał zajście naukowcom, którzy potwierdzili czym jest Megaguirus.
Niedługo po tym Godzilla pojawił się w Zatoce Tokijskiej wiedziony czymś do Tokio. Była to Megaguirus, która zamierzała wyssać resztę jego energii. Fale szokowe produkowane przez jej skrzydła uniemożliwiły specjalnej jednostce Japońskich Sił Samoobrony – G-Grapers uruchomienie działa wymierzonego przeciw potworom. Megaguirus miała wyraźną przewagę nad Godzillą, gdyż wysysając z niego energię za pomocą swego żądła, uniemożliwiła mu tym samym atak termonuklearnym promieniem. Ostatecznie Godzilla zmienił taktykę walki i podstępem doprowadził do odcięcia jednego ze szczypców Megaguirus swoimi płetwami grzbietowymi.