Data erygowania parafii przy kościele jest również niepewna; według niektórych źródeł mogło to mieć miejsce w 1222 roku, kiedy przebudowano budynek i powierzono Angelowi Semitecolo zarząd parafii. Kościół XIII-wieczny był wówczas trzynawową bazyliką, której fasada wychodziła na kanał Rio de San Pantalon. W 1305 roku kościół został odnowiony i ponownie konsekrowany Mapa Jacopa de’ Barbari z 1500 roku (podobnie jak mapa Matthäusa Meriana z 1635 roku) przedstawia jego fasadę wychodzącą na Rio de San Pantalon. Później dodano wejście od strony placu (campo) San Pantalon.
Obecny kościół Kiedy kościół został przebudowany w latach 1668–1686 przez Francesca Comina, jego orientacja została obrócona o 90 stopni, tak że niedokończona jeszcze, ceglana fasada wychodziła na campo San Pantalon. Comino projektując fasadę przypuszczalnie inspirował się fasadami kościołów Redentore i San Lazzaro dei Mendicanti. Kościół został przebudowany 1704 roku, a w 1745 roku konsekrowany przez patriarchę Wenecji, Alvise Foscari.
Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. Liczba weneckich parafii została zmniejszona z ponad 70 do 30. Kościół św.