Masakry więzienne NKWD w Wilnie – ewakuacja wileńskich więzień połączona z mordowaniem więźniów, przeprowadzona przez sowieckie organy bezpieczeństwa w czerwcu 1941 roku. W jej wyniku poniosło śmierć co najmniej kilkaset osób. Była to jedna z wielu tzw. masakr więziennych dokonanych przez NKWD po rozpoczęciu niemieckiej inwazji na ZSRR.
Geneza thumb|Więzienie na Łukiszkach W konsekwencji sowieckiej agresji 17 września 1939 roku Wilno zostało zdobyte przez Armię Czerwoną, a następnie przekazane Litwie. W czerwcu 1940 roku wraz z całą Litwą znalazło się ponownie pod sowiecką okupacją.
Osoby aresztowane przez NKWD były osadzane w przedwojennych polskich zakładach karnych: więzieniu na Łukiszkach oraz więzieniu przy ul. Ponarskiej. Były to dwa z trzech więzień funkcjonujących na terenie okupowanej Wileńszczyzny; w oficjalnych dokumentach określano je mianem „więzienia nr 2” i „więzienia nr 3”.