Hedora w ostatecznej formie i Godzilla ponownie się pojawili pod górą Fudżi. Także i tu Godzilla nie dał rady przeciwnikowi i stracił oko. Jednak Japońskie Siły Samoobrony na zlecenie doktora Yano zbudowały gigantyczną zaporę elektryczną i tam zwabiona Hedora została odwodniona. Gdy Godzilla zbliżył się do jej zwłok, wyleciała z nich mniejsza Hedora, która uciekła. Godzilla dopadł Hedorę i zwabił ją z powrotem pod elektrody. Tym razem została całkowicie zniszczona.
Seria Millenium Hedora wystąpiła w filmie Godzilla: Ostatnia wojna jako jeden z potworów atakujących cały świat. Wraz z Giganem i Monster X-em była jedynym potworem, który nie zaatakował konkretnego miasta i nie uczestniczył w pierwszej fazie inwazji. Gdy okazało się, że to Xilieni stali za atakami potworów jako część planów podbicia Ziemi, w odpowiedzi Siły Obrony Ziemi (oryg. Earth Defence Force) wypuściły z Obszaru G (oryg. Area G) Godzillę jako pozbawionego , którą miały wszystkie potwory pod kontrolą Xilieniów i przez to może stanowić największą obronę Ziemi. Dowódca Xilienów rozkazał teleportowanie Ebiraha i Hedory do Zatoki Tokijskiej, gdzie miały zetrzeć się z nadciągającym Godzillą. Jednak Godzilla wycelował swój termonuklearny promień w statek teleportujący, nim przeprowadził całą akcję.