W 1 rundzie Pucharu Niemiec Bayern zmierzył się z SV Drochtersen/Assel. Spotkanie zakończyło się zwycięstwem Bayernu 1:0 i awansem do 2 rundy. Tam Bayern zmierzył się z SV Rödinghausen i wygrał to spotkanie 2:1. W 1/8 finału Bayern podjął Herthę BSC. Do wyłonienia zwycięzcy potrzebna była dogrywka, ostatecznie Bayern wygrał to spotkanie 3:2. W Ćwierćfinale, rywalem Bayernu okazał się 1. FC Heidenheim. Po zaciętym pojedynku Bayern pokonał rywala 5:4. W półfinale Bayern zmierzył się z Werderem Brema. Bayern wygrał mecz 3:2 i awansował do finału. 25 maja 2019 roku, w finale, Bayern zmierzył się z RB Lipsk. Bayern wygrał pewnie 3:0 i zdobył Puchar Niemiec. Był to 19 tytuł Bayernu w tych rozgrywkach.
W czasie zimowego okna transferowego do zespołu dołączył Alphonso Davies z Vancouver FC. Natomiast zespół opuścił Sandro Wagner, który przeniósł się do Tianjin Teda.
Najlepszym strzelcem zespołu w sezonie 2018/19 okazał się Robert Lewandowski, który zdobył 40 goli we wszystkich oficjalnych meczach. Został on także królem strzelców Bundesligi, zdobywając 22 gole w lidze.
Skład