27 grudnia 1988 dołączył do powołanego kilka dni wcześniej trzeciego rządu Icchaka Szamira jako minister bez teki. Kiedy 11 czerwca 1990 doszło do powołania kolejnego rządu Szamira, Szaki stanął na czele Ministerstwa Spraw Religijnych. Funkcję tę pełnił do końca kadencji rządu – 13 lipca 1992.

Kolejny raz został wybrany posłem w wyborach w czerwcu 1992. W Knesecie XIII kadencji stanął na czele podkomisji ds. ofiar nazistowskiego terroru oraz zespołu parlamentarnego ds. walki z antysemityzmem i ksenofobią. Ponadto zasiadał w komisjach finansów oraz ds. statusu kobiet i równouprawnienia. Był zdecydowanym krytykiem porozumień z Oslo. W wyborach w 1996 ponownie uzyskał mandat poselski, a w czternastym Knesecie ponownie stanął na czele tego samego zespołu parlamentarnego, przewodził także lobby na rzecz zwiększenia tolerancji pomiędzy ludnością świecką i religijną. Był członkiem komisji kontroli państwa; spraw zagranicznych i obrony; absoprcji imigrantów;