Przed sezonem W lutym dyrektor sportowy, Grzegorz Mielcarski, osiągnął porozumienie z Jeanem Paulistą, który po wygaśnięciu kontraktu w Maia przeniósł się latem do krakowskiego klubu. W następnym miesiącu zawarto umowę transferową z Polonią Warszawa dotyczącą Konrada Gołosia. Obaj zawodnicy uczestniczyli w ligowych rozgrywkach swoich klubów do końca sezonu 2004/2005.
W letnim oknie transferowym na zasadzie transferu definitywnego odszedł z zespołu Maciej Żurawski. Napastnik został najdrożej sprzedanym piłkarzem przez polski klub w dotychczasowej historii. Na dzień przed wygaśnięciem okresu transferowego krakowski klub dysponował ofertami z dwóch hiszpańskich klubów za Tomasza Frankowskiego. Na życzenie piłkarza Bogusław Cupiał zdecydował się na transfer do Elche. Zawodnik dopłacił umówioną kwotę z własnego kontraktu do całości odstępnego. Przedstawiciele Levante zgłosili protest do Hiszpańskiego Związku Piłki Nożnej.
W drugim tygodniu czerwca sąd polubowny przy FIFA uznał, że nie jest organem właściwym, by rozstrzygnąć spór Henryka Kasperczaka z Wisłą. Polski Związek Piłki Nożnej podtrzymał swoją decyzję ze stycznia, że miesięczne raty kontraktowe nie łamały warunków umowy po zawieszeniu w obowiązkach szkoleniowca w grudniu 2004 roku.