Pendentywy ozdobione zostały przez Paolo Guidottiego freskami przedstawiającymi Ewangelistów.
Na końcach transeptu znajdują się dwa freski Gagliardiego: Ukrzyżowanie po prawej i Adoracja Trzech Króli po lewej stronie.
Boki kwadratowego prezbiterium zajmują stalle. Ołtarz ma kształt starożytnego sarkofagu z okuciami z pozłacanego brązu. Nad ołtarzem zawieszono baldachim ozdobiony frędzlami. Freski w prezbiterium zostały wykonane przez kilku artystów: Guerra, Antonio Viviani i Lilio. Malowidło na tylnej ścianie przedstawia Wyświęcenie św. Hieronima na kapłana w Antiochii w Syrii, na prawej ścianie bocznej Debatę św. Hieronima o Piśmie świętym przed papieżem Damazym, na lewej Dysputę św. Hieronima na temat doktryny na pustyni Chalkis. Na sklepieniu prezbiterium znajduje się przedstawienie Boga Ojca w centralnym tondo, z bocznymi panelami przedstawiającymi aniołów.
Kaplice boczne
Kaplica św. Antoniego z Padwy
Pierwsza kaplica po prawej stronie poświęcona jest św. Antoniemu z Padwy. Ołtarz autorstwa Michelangelo Cerruti z 1718 roku przedstawia Matkę Bożą adorowaną przez świętych Antoniego, Filipa Neri i Franciszka z Paoli.
Kaplica Madonna della Stella