19 kwietnia 2023 podczas konferencji prasowej poinformowano, że Marek Papszun zakończy swoją współpracę z klubem i będzie prowadził zespół do końca sezonu 2022/2023. W sezonie 2022/2023 doprowadził Raków do finału Pucharu Polski, bez straty gola, eliminując Zagłębie Sosnowiec, Pogoń Szczecin, Motor Lublin i Górnika Łęczna, ostatecznie przegrywając 2 maja 2023 na Stadionie Narodowym z Legią Warszawa (0:0 po dogrywce, 5:6 po rzutach karnych). W tymże sezonie wywalczył również mistrzostwo Polski, zapewniając sobie tytuł na trzy kolejki przed końcem sezonu.
Po odejściu z Rakowa 26 lipca 2023 został ekspertem w Canal+ Sport. Po zwolnieniu Fernando Santosa we wrześniu 2023 był jednym z kandydatów do objęcia stanowiska selekcjonera reprezentacji Polski.
Powrót do Rakowa W świetle rozczarowujących wyników Rakowa Częstochowa w sezonie 2023/2024 pod wodzą Dawida Szwargi, władze klubu zdecydowały się na poszukiwanie innego trenera. 21 maja 2024, cztery dni przed ostatnią kolejką, poinformowano, że wraz z początkiem sezonu 2024/2025 drużynę obejmie Papszun. Związał się z Medalikami dwuletnim kontraktem, z możliwością odejścia w ściśle określonych sytuacjach.