Bez udziału głównego faworyta MKI Mikołajów został ostatnim mistrzem Ukraińskiej SRR.
Po odzyskaniu niepodległości przez Ukrainę w 1992 zespół debiutował w Wyższej Lidze Ukrainy, zdobywając wicemistrzostwo Ukrainy. W następnym sezonie 1992/93 zespół wywalczył brązowe medale. W 1993 zmienił nazwę na Korabeł Mikołajów, a w sezonie 1993/94 zajął 5.miejsce. W następnym sezonie powtórzył ten wynik. W 1995 w wyniku reorganizacji klub został zarejestrowany jako SK Mikołajów, drużyna sekcji koszykarskiej startowała w Wyższej lidze, zajmując w sezonie 1995/96 7.miejsce. Latem 1996 została utworzona Superliga, która została skrócona do 8 drużyn i klub został zakwalifikowany do Superligi. W sezonie 1996/97 awansował na 6.pozycję, a w sezonie 1997/98 wygrał brązowe medale. W kolejnych 5 sezonach zespół zatrzymywał się na czwartej lokacie. W 2000 roku klub przyjął nazwę MBK Mikołajów. W sezonie 2003/04 był piątym. W 2005 i 2006 zakończył mistrzostwa na 6.miejscu, w 2007 spadł na 8.miejsce, a w 2008 wrócił na 6.pozycję. W sezonie 2008/09 po raz pierwszy w historii europejskiej koszykówki nastąpił podział krajowego związku koszykówki. Formalnie powodem podziału był brak akceptacji przez FBU pewnych ograniczeń. W szczególności limit wynagrodzeń, który istnieje w Stanach Zjednoczonych i limit dla zagranicznych graczy.