4 marca 2020 zadebiutował w barwach Legii Warszawa w meczu 25. kolejki Ekstraklasy w wygranym 2:0 meczu z Lechią Gdańsk. Zawodnik w 70. minucie zastąpił na boisku Arvydasa Novikovasa. Pierwszą bramkę dla Legii zdobył 19 września 2020 w przegranym 3:1 meczu z Górnikiem Zabrze. 27 lipca zagrał w 50. meczu dla Legii, występując w wygranym 2:1 starciu przeciwko Florze Tallinn w ramach eliminacji do Ligi Mistrzów UEFA. 6 sierpnia 2023, występując w meczu Ekstraklasy z Ruchem Chorzów (3:0), rozegrał 100. ligowy mecz w barwach warszawskiego klubu. W sezonie 2023/2024 wywalczył z Legią awans do fazy pucharowej Ligi Konferencji Europy UEFA.
Atlanta United 17 stycznia 2024 został zawodnikiem klubu Major League Soccer Atlanta United, podpisując kontrakt do końca sezonu 2028. W dniu 4 sierpnia 2024, w meczu przeciwko meksykańskiemu Santos Laguna - rozgrywanym w ramach rozgrywek Leagues Cup - Bartosz Slisz wystąpił po raz pierwszy jako kapitan Atlanta United.