II wojna światowa Możliwości Hoela w zakresie badań w Arktyce podczas II wojny światowej były ograniczone. Po tym, jak został powołany przez rząd okupacyjny na prorektora uniwersytetu, a później rektora, wojenne lata spędził na pracy na uniwersytecie. Był mocno zaangażowany w pracę polegającą na pomaganiu uwięzionym studentom i ich krewnym, zwłaszcza tym, którzy zostali wysłani do Niemiec. W maju 1945 roku Hoel został internowany w Ilebu i uciekł w kwietniu 1946 roku, zaś w maju 1949 roku został skazany na 18 miesięcy więzienia. Głównym zarzutem było jego członkostwo w NS oraz to, że został mianowany rektorem na Uniwersytecie przez rząd kolaborantów.
Pod koniec wojny Hoel stracił wszystkie obowiązki i pozycje. Kilka organizacji wykluczyło go z grona członków, a także utracił Medal Zakonu Świętego Olafa, który otrzymał w 1938 roku. W 1951 roku opublikował pismo Osada z rodakami wyjaśniające motywy jego działań podczas wojny. Opublikował także szereg artykułów w różnych czasopismach, zarówno naukowych, jak i politycznych. W latach 50. Hoel został zatrudniony przez Norweski Instytut Polarny do napisania historii Svalbardu, która ukazała się jako trzyczęściowa praca.