Koncha apsydy zawiera fresk, również autorstwa Mariniego, Nakarmienie pięciu tysięcy. Poniżej znajdują się trzy duże obrazy: Ukrzyżowanie św. Andrzeja (dzieło Giovanni Battista Leonardiego), Św. Andrzej na krzyżu (Lazzaro Baldi) i Pogrzeb św. Andrzeja (Francesco Trevisani). Na bocznych ścianach nad drzwiami znajdują się mniejsze obrazy autorstwa Giovanni Antonio Grecolini: po lewej stronie Św. Andrzej prowadzony na miejsce męczeństwa, po prawej Biczowanie św. Andrzeja.
Apsydę flankują dwa marmurowe posągi aniołów dłuta Giovanni Lorenzo Berniniego, które początkowo przeznaczone były do ozdobienia mostu św. Anioła. Anioł po lewej trzyma koronę cierniową, a po prawej Titulus Crucis.
Kaplice boczne Po obu stronach nawy znajdują się po trzy kaplice główne, dodatkowe kaplice zlokalizowane są w transepcie, ponadto przy wejściu istnieją dwie małe kaplice.
Kaplica św. Jana Chrzciciela
Kaplica w rogu po prawej stronie wejścia jest poświęcona św. Janowi Chrzcicielowi i pełni rolę baptysterium. Na ścianie wisi Chrzest Chrystusa autorstwa Ludovico Gimignani oraz obraz Marcantonio Belladonna po prawej stronie i Domenico Jacovacci po lewej. Drewniana pokrywa chrzcielnicy ma kształt tempietto, została ozdobiona malowidłami przez Jacques Courtois w 1674 roku.
Kaplica św.