11 stycznia 1693 Maltę nawiedziło silne trzęsienie ziemi, które spowodowało zawalenie się m.in. kaplicy Zwiastowania. W sierpniu 1694 rozpoczęto jej odbudowę, której inicjatorem był rektor świątyni ks. Francesco Attard. Spore fundusze na ten cel podarowali członkowie załóg galer Zakonu. Poświęcenia odbudowanej kaplicy dokonał 3 czerwca 1749 arcybiskup Malty Paul Alphéran de Bussan. Raport z następnej wizyty arcybiskupa w 1754 potwierdził dobry stan kaplicy.
12 października 1856 kolejne trzęsienie ziemi mocno uszkodziło kaplicę; zawaliła się boczna ściana. Rok później, jak o tym głosi tablica umieszczona wewnątrz, została odbudowana z inicjatywy rektora ks. Nikoli Micallefa. Na tej samej tablicy zanotowano kolejne trzęsienie ziemi 18 września 1923. Tę informację sygnował P. Laferla.
Architektura Wygląd zewnętrzny thumb|left|180px|Fasada kaplicy Zwiastowania (2016). Widoczne wejście zamurowane do połowy wysokości (z lewej) oraz pęknięcie fasadyBudynek kaplicy jest prostokątny. Jego fasada jest prosta i pozbawiona ozdób;