Przed meczem z Legią Warszawa w ramach 24. kolejki po raz pierwszy wyemitowano nową wersję hymnu „Jak długo na Wawelu”, różniącą się od nagrania Andrzeja Sikorowskiego, który nie wyraził zgody na dalszą emisję po spotkaniu z Arką Gdynia podczas 17. kolejki ligowej.
W ostatnim tygodniu kwietnia Nikola Mijailović w wyniku konfliktu z trenerem Kazimierzem Moskalem i Marcinem Baszczyńskim opuścił przedwcześnie trening. Serb nie stawił się też na spotkanie z Moskalem i Maciejem Musiałem, kierownikiem zespołu. Zarząd klubu zdecydował się odsunąć zawodnika od pierwszego zespołu i nie przedłużać obowiązującego do lipca kontraktu.
Komisja Ligi po meczu 25. kolejki z Odrą Wodzisław, w którym Baszczyński i Jean Paulista zostali ukarani czerwonymi kartkami za niesportowe zachowanie, nałożyła na zawodników dodatką karę zawieszenia na 2 ligowe spotkania.
Stadion Przed sezonem Po zakończeniu sezonu ligowego 2005/2006 obiekt przy ulicy Reymonta dysponował nową krytą trybuną na 5690 widzów wraz z zapleczem gastronomicznym i treningowym. Jedyny mecz w okresie przygotowań do sezonu z udziałem publiczności rozegrano z Celtikiem Glasgow w ramach obchodzenia stulecia powstania krakowskiego klubu.