Wnętrze thumb|140px|Apsyda kościoła z ołtarzem głównym Nie wiadomo na pewno, kto był architektem kościoła. Porównując styl budowli i jej detale do innych kościołów z tego okresu, można się pokusić o stwierdzenie, że mógł nim być Tommaso Dingli. Kościół wewnątrz jest elegancki i wspaniale zaprojektowany. Ma półkoliście sklepioną nawę oraz apsydę, w której znajduje się ołtarz główny. Pozostałe dwa ołtarze są po bokach nawy. Ołtarze W ołtarzu głównym znajduje się obraz tytularny, przedstawiający św. Wenerandę wpatrzoną w niebo. Ponad nią Madonna z Dzieciątkiem oraz Święta Anna, której święto przypada tego samego dnia, co patronki kościoła – 26 lipca. Nie jest znany autor obrazu. Ponad retabulum, w półokrągłej szczytowej przestrzeni apsydy, obraz Męczeństwo św. Wenerandy, którego autorstwo przypisywane jest Mattia Pretiemu.
Ołtarz boczny po lewej stronie zawiera obraz Matka Boża z Góry Karmel, który wykonany został przez Giuseppe Calì w 1912. W ołtarzu po prawej, od strony klasztoru, znajduje się obraz Matka Boska Bolesna (zwany też Ukrzyżowanie), nieznanego malarza.