Zduplikowane geny mogą oczywiście podlegać także innym procesom. Istnieje przykładowo znaczne prawdopodobieństwo, że zamiast nabycia nowej funkcji mutacje spowodują, że zmieniająca się kopia genu straci tę, którą uprzednio posiadała. Jest to częsty proces, w wyniku którego gen staje się pseudogenem.
Geny powstałe przez duplikacje tworzą zwykle rodziny – grupy genów o wspólnym pochodzeniu, pełniące różne, ale w pewien sposób zbliżone funkcje.
Proces neofunkcjonalizacji opisany został przez Susumo Ohno w 1970. Innym procesem nabywania przez geny nowych funkcji jest subfunkcjonalizacja.
Wedle Futuymy za przykład neofunkcjonalizacji uznaje się powstanie eozynofilowego białka kationowego (ECP). Kodujący je gen zalicza się do rodziny rybonukleaz, podobnie jak gen kodujący eozynofilową neurotoksynę (EDN). Otóż w przeszłości istniał jedynie gen EDN, który w pewnym momencie uległ duplikacji. Liczne niesynonimiczne mutacje obserwuje się jedynie w jednej kopii tego genu, drugą więc musiał utrzymać w niezmienionym stanie dobór.