Kilkadziesiąt lat po otwarciu, kościół został zdewastowany przez okupacyjne wojska francuskie. Żołnierze zniszczyli bagnetami obraz tytularny, ostrzelali fasadę kościoła, a także poczynili inne szkody. Po usunięciu Francuzów, w miejsce zniszczonego obrazu umieszczono inny, przedstawiający św. Annę i św. Joachima, zmieniając jednocześnie wezwanie kościoła.
W latach trzydziestych XX wieku kościół został odnowiony, dobudowano wtedy też przypory, aby wzmocnić budynek.
W latach sześćdziesiątych pod nadzorem architekta Edwina Englanda (ojca architekta Richarda Englanda) wymieniono zniszczone oryginalne sklepienie kolebkowe na płaskie. Nie wiadomo, dlaczego nie postarano się odtworzyć sklepienia w oryginalnym kształcie.
W latach osiemdziesiątych zeszłego stulecia opiekę nad kościółkiem przejął o. Ugolino Xerri z zakonu franciszkanów konwentualnych, który to zakon zarządzał świątynią od zakończenia II wojny światowej. Po raz pierwszy zaprowadził zwyczaj obchodzenia święta św. Anny w kościele i zwiększył ilość odprawianych mszy świętych. Ustawił figury Matki Bożej oraz św. Franciszka koło kościoła, wprowadził procesje w Boże Narodzenie oraz Wielkanoc. Kiedy o.