Dodatkowe zastrzeżenia obejmują trudności w oszacowaniu globalnego i regionalnego wpływu erupcji na klimat oraz brak rozstrzygających dowodów na erupcję poprzedzającą wąskie gardło. Co więcej, badania genetyczne sekwencji Alu rozsianych w całym genomie ludzkim wykazały, że efektywna wielkość populacji wynosiła 1,2 mln lat temu poniżej 26 tys. osób, najprawdopodobniej zaś około 18,5 tysiąca. Jak zauważają Huff i współpracownicy, jest to bardzo mała liczebność, biorąc pod uwagę szeroki zasięg występowania gatunku, podobna bądź nieznacznie tylko większa od współczesnych liczebności szympansów czy goryli, a więc człekokształtnych o ograniczonym zasięgu. Badacze proponują dwa możliwe wyjaśnienia otrzymanego wyniku: powtarzające się epizody efektu wąskiego gardła bądź konkurencję ze strony innych przedstawicieli rodzaju Homo, okresowo lokalnie wypierających przodków dzisiejszego człowieka.
Wąskie gardła w ewolucji innych ssaków Niektóre dowody wskazują na genetyczne wąskie gardła u innych zwierząt po erupcji Toba. Populacje szympansa zwyczajnego z Afryki Wschodniej, orangutana borneańskiego, populacji makaka królewskiego z dzisiejszych środkowych Indii, geparda i tygrysa – wszystkie odrodziły się z bardzo niskiej liczby około 70–55 tys.