Zdjęcia do filmu realizowano głównie w Jaśliskach w województwie podkarpackim. Wyboru tej lokalizacji dokonali Komasa oraz partnerujący mu operator Piotr Sobociński jr., ponieważ Jaśliska „miały drewnianą architekturę, pastelowe kolory i były bardziej »rozsiane w naturze«”. Ponieważ Kuria nie pozwoliła na kręcenie scen we wnętrzu kościoła w Jaśliskach, wybrano wnętrze innej świątyni pod Warszawą (kościół św. Franciszka z Asyżu w Prażmowie). Jedną ze scen nakręcono na barce przy jeziorze Rożnowskim w Tabaszowej, inną – na drodze pod Komańczą. Sobociński jr. zdecydował się kręcić poszczególne sceny możliwie statycznie, niekiedy z uwzględnieniem naturalnego światła.
Boże Ciało zostało dofinansowane przez Polski Instytut Sztuki Filmowej kwotą 1 500 000 złotych. Wsparcia w wysokości 40 000 euro udzieliło także francuskie Centre National du Cinéma et de l’Image Animée. Polska kinowa premiera filmu, wyprodukowanego przez studio Aurum Film, odbyła się 11 października 2019 roku.