Rudzka przekonywała, że Boże Ciało to „symboliczna, acz dosadna, opowieść o Kościele, o tym, że idealny obraz duchownego, przepełnionego dobrem, oddanego altruisty to fałsz, gdyż nawet troszcząc się o sprawiedliwość, robi to świecki chłopak pod przebraniem księdza”. Rudzka jednak podkreślała, że film nie ma antykościelnego wydźwięku, „nie ocenia i nie krytykuje. Więcej tu szarej, ponurej rzeczywistości niż martyrologii”. Powszechnie chwalona była brawurowa kreacja Bartosza Bieleni.
Łukasz Maciejewski z portalu Onet.pl wskazywał wprawdzie błędy scenariuszowe: „zbyt wiele spraw odbywa się w trybie życzeniowym. Fałszywy ksiądz działa na parafii, ale nikt go nie kontroluje, a dotychczasowy kapłan [...] niemal jak za dotknięciem czarodziejskiej różdżki wyjeżdża, żeby ustąpić młodemu pola, nie wiadomo skąd koloratka w plecaku chłopca z poprawczaka [...]”. Maciejewski jednak podkreślał, że „ten znakomicie wyreżyserowany i opowiedziany film (zdjęcia Piotra Sobocińskiego juniora, kostiumy Doroty Roqueplo), wymyka się oczekiwaniom przyczynowo-skutkowym”. Michał Walkiewicz z portalu Filmweb rozpatrywał Boże Ciało jako przejaw cywilizowania katolicyzmu polskiego: „jeśli coś poza filmową publicystyką może przekłuć dziś balonik katolickiego gung-ho, jest to właśnie historia owieczki, od której pasterze mogliby się uczyć fachu.