Kotowska jest współautorką pierwszych w Polsce panelowych badań warunków i jakości życia „Diagnoza Społeczna” Rady Monitoringu Społecznego w latach 2000–2015. Jej dorobek naukowy, od 1995 licząc, obejmuje: autorstwo 39 rozdziałów w książkach (w tym 7 wydanych za granicą, 14 w języku angielskim, 10 we współautorstwie); redakcję naukową 10 książek, w tym 6 w języku angielskim, przy czym 4 są wydane za granicą; 31 artykułów, w tym 4 opublikowane w czasopismach zagranicznych; współautorstwo 3 podręczników.
Jest członkinią Naukowej Rady Statystycznej, Rządowej Rady Ludnościowej, Komitetu Nauk Demograficznych oraz Komitetu Nauk o Pracy i Polityce Społecznej PAN, z czego w latach 2011–2018 przewodniczącą KND. W latach 2002–2008 kierowała Radą Naukową Środkowoeuropejskiego Forum Badań Migracyjnych, a od 2005 do 2011 przewodniczyła Radzie Naukowej Instytutu Pracy i Spraw Socjalnych. W latach 2008–2012 była członkinią Rady Fundacji na rzecz Nauki Polskiej, a w latach 2012–2016 wiceprzewodniczącej Rady Fundacji. Od 2008 należy do Zespołu ds. Współpracy z Zagranicą w MNiSW. W latach 2013–2016 była członkinią Sekcji Nauk Ekonomicznych Centralnej Komisji ds. Stopni i Tytułów.