Pojawiły się plotki, że Armia Czerwona zmierza do Omska od południa i jest bliska odcięcia linii kolejowej, po której miała odbywać się ewakuacja. Doszło również do niesubordynacji i aktów przemocy wśród żołnierzy, w dowództwie zapanował chaosE. Mawdsley, Wojna..., s. 289-290.. Biali przed odejściem z miasta 12 listopada zamordowali 400 więźniów politycznych w omskich więzieniu. Aleksandr Kołczak odjechał z Omska w nocy z 13 na 14 listopada, zabierając ze sobą 414 254 000 złotych rubli z dawnych carskich rezerw złota. W tym samym czasie z Omska odjechali generałowie Wojciechowski i Kappel ze sztabami. Chociaż rząd Kołczaka formalnie nadal funkcjonował, opuszczenie Omska oznaczało faktycznie koniec sprawowania przez niego władzy choćby na części obszarów Syberii.
Rankiem 14 listopada 1919 r. do Omska wkroczyli żołnierze czerwonej 27 dywizji strzeleckiej, całkowicie zaskakując pozostające jeszcze w Omsku oddziały białych. Do wieczora całe miasto było w rękach czerwonych. Do niewoli dostało się 40 tys. białych żołnierzy i tysiąc oficerów, 3 pociągi pancerne, 3000 wagonów z uzbrojeniem i zapasami dla wojska, 40 dział, 500 karabinów maszynowychJ. D. Smele, Civil war..., s.