Działalność naukowa i publicystyczna Wilhelm Junkmann był w Münster współwydawcą czasopisma „Katholisches Magazin für Wissenschaft und Leben”, a także pisał do „Münstersches Sonntagsblatt für katholische Christen”, „Allgemeines Kirchenlexikon” oraz „Allgemeine Realenzyklopädie für das katholische Deutschland”. Był także członkiem towarzystwa Regesta Historiae Westfaliae i założycielem Westfalii Sacra. Oprócz tego Junkmann zajmował się także tworzeniem dzieł literackich, beletrystyki oraz pisał prace historyczne. Był zaprzyjaźniony m.in. z pisarką Annette von Droste-Hülshoff. Po rozpoczęciu kariery politycznej zrezygnował z prób lirycznych. Junkmann był członkiem różnych towarzystw naukowych i literackich.
Działalność polityczna Junkmann został w 1848 członkiem parlamentu frankfurckiego w okręgu wyborczym Recklinghausen. W 1850 został członkiem parlamentu erfurckiego (Erfurter Unionsparlament), a w latach 1849–1852 członkiem II Izby pruskiego landtagu z okręgu wyborczego Münster.