Po ujawnieniu grupy Iwańskiego w Urzędzie Bezpieczeństwa, Waligórski pozostał w konspiracji. W październiku 1945 r. nawiązał kontakt z kpt. Emilią Malessą „Marcysią” i dostał od niej propozycję kierowania Komórką Łączności Zagranicznej Zarządu Głównego Zrzeszenia „Wolność i Niezawisłość”. Zgodził się. Nie zdążył przejąć komórki, gdyż udając się na umówione spotkanie w mieszkaniu „Marcysi” wpadł w zasadzkę UB. Został aresztowany i osadzony w więzieniu mokotowskim przy ul. Rakowieckiej. Z więzienia został zwolniony 3 grudnia 1945 r. Po opuszczeniu więzienia krótko mieszkał w Radomiu. Inwigilowany przez UB, zmuszony został do wyjazdu. W lipcu 1946 r. objął posadę kierownika fermy kurzej przy Państwowym Gospodarstwie Rolnym w Gościmiu w gm. Drezdenko. I tam nie zaznał spokoju. Był często nachodzony przez UB oraz wzywany na przesłuchania.
Życie prywatne thumb|240px|Grób Witolda Waligórskiego na cmentarzu parafialnym w Tłuszczu W 1921 r. zawarł związek małżeński z Katarzyną Parzęcką. Z małżeństwa tego urodziło się troje dzieci: Karol (1923), Irena (1925) i Helena (1928). Czas wojny i konspiracji odbił się negatywnie nie tylko na zdrowiu Witolda, ale i na jego życiu rodzinnym. Z trójki dzieci przeżyła tylko jedna córka – Helena.