Pierwsi protestanci pojawili się dopiero w 1898 roku, gdy Filipiny zostały zaanektowane przez Stany Zjednoczone. W 1901 r. prezbiterianie, którzy przybyli w 1899 r., założyli słynną uczelnię Silliman University. W tym czasie przybyli też metodyści (1899), następnie baptyści (1900), Disciples of Christ (1901), CMA (1902), anglikanie (1902) i adwentyści dnia siódmego (1906). Z innych grup w 1898 przybyli mormoni, a w 1908 – świadkowie Jehowy.
W 1914 roku Felix Manalo zostaje założycielem Kościoła Chrystusowego, który stał się drugą co do wielkości chrześcijańską organizacją na Filipinach, po Kościele katolickim. Doktryna kościoła jest antytrynitarna, a sam Felix Manalo uznawany jest za ostatniego posłańca Boga.
W latach 1920–40 powstają pierwsze kościoły zielonoświątkowe założone przez misjonarzy ze Stanów Zjednoczonych. W 1978 roku Eddie Villanueva zostaje założycielem neo-zielonoświątkowego kościoła „Jezus jest Panem”. Badanie z 2003 roku wykazało, że 15% filipińskich katolików jest charyzmatykami, a ponad jedna trzecia niekatolickich chrześcijan jest zielonoświątkowa lub charyzmatyczna.