System rozgrywek Puchar EHF piłkarzy ręcznych w sezonie 2019/2020 składa się z czterech faz: trzech rund kwalifikacyjnych do fazy grupowej, fazy grupowej, fazy pucharowej oraz turnieju finałowego.
Rundy kwalifikacyjne: uczestniczą w niej 64 drużyny. W pierwszej rundzie kwalifikacyjnej wzięły udział 32 drużyny. Do drugiej rundy awansowali zwycięzcy dwumeczów. W drugiej rundzie kwalifikacyjnej udział biorą 32 drużyny: 16 drużyn z pierwszej rundy i 16 następnych drużyn z zestawienia EHF. Zwycięzcy dwumeczów awansują do trzeciej rundy. W trzeciej rundzie udział wezmą 32 drużyny: 16 drużyn z drugiej rundy i 16 następnych drużyn z zestawienia EHF. Zwycięzcy dwumeczów awansują do fazy grupowej. Faza grupowa: w fazie grupowej drużyny zostaną podzielone na 4 grupy po 4 drużyny. Najlepsze dwie drużyny z każdej z grup awansują do ćwierćfinałów. Faza pucharowa: składać się będzie z 1/4 finału. Turniej finałowy: uczestniczyć w nim będą zwycięzcy ćwierćfinałów i składać się będszie z półfinałów, meczu o 3.