Uważa się, że kościół pierwotnie był pod wezwaniem świętych Pawła i Łukasza.

Uważa się, że w połowie VIII wieku kompleks stał się klasztorem obrządku bizantyjskiego, obsadzonym przez mnichów-uchodźców, którzy zbiegli przed prześladowaniami ze strony ikonoklastów w Cesarstwie Bizantyjskim. Kościół przeszedł co najmniej dwie duże renowacje przed przebudową w XI wieku. Podniesienie poziomu ulicy i zagrożenie świątyni zalaniem spowodowały jego przebudowę na wyższym poziomie w 1049 roku, część starego klasztoru, w tym oryginalna mała kaplica, zostały zachowane jako krypta. Orientacja kościoła była odwrotna do obecnej. Apsyda znajdowała się obok Arcus Novus, a nawa była krótsza niż obecnie.

Na początku XV wieku świątynia została poświęcona Matce Bożej w związku z rozwojem kultu wizerunku znajdującego się obecnie w głównym ołtarzu.