Flotylli Obrony Wybrzeża (8FOW) w Świnoujściu, a następnie z dniem 1 czerwca 2008 r., decyzją Ministra Obrony Narodowej, został wyznaczony na stanowisko zastępcy dowódcy 8.FOW. Od 1 lipca 2010 r. kmdr Andrzej Kowalski był zastępcą szefa Biura Hydrograficznego Marynarki WojennejMON nr 470 z 23.05.2010r., a od 1 lipca 2013 do 31 grudnia 2013 roku pełnił służbę na stanowisku zastępcy szefa Szkolenia MW - szefa Szkolenia Morskiego. Od 01 stycznia 2014 do 30 września 2019 roku pełnił funkcję szefa Biura Hydrograficznego Marynarki Wojennej.
Członek Rady INSPIRE i Rady SARDGM.I.002.3.2016.CP.8 z dnia 13.09.2016r.. Ponadto, uczestnik wielu konferencji krajowych i międzynarodowych: reprezentant służby hydrograficznej na Konferencje Komisji Hydrograficznej Morza Bałtyckiego (BSHC) oraz delegat Polski na Konferencje Międzynarodowej Organizacji Hydrograficznej (IHO) (1997, 2000, 2002, 2012, 2014 oraz pierwsze plenarne Zgromadzenie IHO w 2017r.) w Monaco. Przedstawiciel MW w grupach roboczych NATO w zakresie bezpieczeństwa żeglugi morskiej. W latach 1997–2002 odpowiedzialny za Krajowy System Ostrzeżeń Nawigacyjnych oraz za publikacje nautyczne Biura Hydrograficznego MW, m.in. współtwórca „Locji Bałtyku – Wybrzeże Polskie”, wyd. 2001.