Maj i czerwiec 1942 Na początku czerwca 1942 Kroll zakazał lekarzom wypisywania pacjentów z zakładu. Powołał się na rozkaz dowództwa SS w Krakowie. Chorzy nadal byli przyjmowani. Ostatni został przyjęty 23 czerwca, czyli w dniu likwidacji zakładu. W tydzień po wprowadzeniu zakazu wypisywania chorych (a na dwa tygodnie przed likwidacją szpitala) straż przy bramie wjazdowej na teren szpitala objęła niemiecka policja. Dokonano także formalnej inspekcji szpitalnego cmentarza. Po wojnie grabarz zakładowy Władysław Bargieł relacjonował, że na teren cmentarza przyszedł Kroll w towarzystwie wysokiego rangą oficera niemieckiego oraz inspektora Pawłyka, który tłumaczył rozmowy. Grabarz miał wskazać miejsce na cmentarzu, w którym jeszcze nie byli grzebani zmarli. Wskazał polankę położoną o kilkanaście metrów na wschód od kostnicy, która równocześnie była miejscem jego zamieszkania. Niemiecki oficer miał potwierdzić, że miejsce jest dobre.