Następnie został skierowany do Warszawy do parafii św. Andrzeja Apostoła, a od 1961 do 1967 był wikariuszem w parafii św. Aleksandra. W tej ostatniej proboszczem był biskup Zygmunt Choromański, który zaangażował Bogusława Bijaka do pracy wśród młodzieży i do stworzenia w parafii duszpasterstwa akademickiego. Jednocześnie został skierowany do pracy w Kurii Metropolitalnej Warszawskiej, w której w latach 1967–1990 był notariuszem, a także dyrektorem Wydziału Duszpasterstwa. W latach 1967–1980 pozostawał w parafii św. Aleksandra jako rezydent.
W latach siedemdziesiątych prowadził rekolekcje dla warszawskich grup oazowych oraz na potrzeby duszpasterstwa lokalnego. Zaadaptował pracownię w podziemiach kurii przy ulicy Miodowej, w której drukowano potrzebne materiały. Jednak pracownia była zbyt mała i dlatego w latach 1978–1979 w ogrodach prymasowskich wybudował nową drukarnię, która została wyposażona – dzięki pomocy władz samorządowych Paryża – w różne sprzęty drukarskie, których kupno w kraju było niemożliwe.