W finale, rozgrywanym 23 sierpnia 2020 roku na Estádio da Luz w Lizbonie, Bayern Monachium zmierzył się z Paris Saint-Germain. Bayern wygrał to spotkanie 1:0 po bramce Kingsleya Comana w 59 minucie spotkania. Tym samym Bayern Monachium po raz 6 w historii zdobył Ligę Mistrzów UEFA.
3 listopada 2019 roku Bayern Monachium zdecydował się na zakończenie współpracy z trenerem Niko Kovačem. Powodem tej decyzji były rozczarowujące wyniki zespołu. Jego tymczasowym następcą został były piłkarz klubu Hans-Dieter Flick. 22 grudnia 2019 roku Bayern ogłosił, że Flick został na stałe trenerem drużyny.
13 marca 2020 roku zostały zawieszone rozgrywki Bundesligi, a także Pucharu Niemiec z powodu pandemii COVID-19. Tego samego dnia zostały zawieszone także rozgrywki Ligi Mistrzów. W związku z tą sytuacją swoją działalność zawiesił także klub Bayern Monachium. Piłkarze do treningu wrócili jednak już 6 kwietnia, przestrzegając zasad sanitarnych W maju rząd niemiecki, ogłosił wznowienie rozgrywek ligowych w tym kraju 16 maja 2020 roku.