Kontrowersje dotyczyły też stanowisk i wynagrodzeń w zarządach gdańskich spółek komunalnych. Prezydent Gdańska dokonywała tam zmian personalnych, m.in. powołując na prezesa Gdańskich Wodociągów pochodzącą z Urzędu Miejskiego Olgę Goitowską. W 2026 radni PiS podali, że zarządy spółek otrzymały ponad 2 mln zł premii za 2024 r., w tym około pół miliona złotych dla prezesa Gdańskich Autobusów i Tramwajów mimo ponad 40 mln zł straty spółki, a Andrzej Skiba mówił o „republice kolesi" w gdańskich spółkach. Urząd Miejski tłumaczył, że wynagrodzenia są zgodne z ustawą z 2016 r., a premie zależą od wyników i realizacji celów.
W sierpniu 2026 radni PiS Barbara Imianowska, Przemysław Majewski i Andrzej Skiba skierowali do prezydent interpelację w sprawie odpolitycznienia spółek komunalnych, pytając m.in. o liczbę działaczy partyjnych zasiadających w zarządach i radach nadzorczych spółek miejskich oraz o nazwiska. Odpowiadając na interpelację, wiceprezydent Piotr Grzelak zapewnił, że powołania odbywają się zgodnie z prawem, a powołane osoby mają wymagane kwalifikacje i uprawnienia.