W 1378 zostało konsekrowane przez biskupa krakowskiego Jana Bodzantę prezbiterium kościoła. Najstarszą w zespole nawę południową z bardzo bogatą dekoracją, fragment ściany zachodniej oraz wschodnią cześć nawy północnej wzniósł inny warsztat niż warsztat kontynuujący prace nad nawą północną w okresie późniejszym. Budowa korpusu nawowego trwała potem długie lata (zasadniczo prace zakończono w 1426), a jej realizacja zupełnie odbiegała od zamierzonej koncepcji, co wykorzystał około 1404 Ścibor ze Ściborzyc, fundując na miejscu pierwotnego przęsła zachodniego kaplicę św. Moniki. W 1443 wskutek trzęsienia ziemi runęło sklepienie nawy – odbudowywano je do 1505. Na rok 1448 datuje się ukończenie budowy nawy południowej i kruchty, której inicjatorami byli ród Lanckorońskich oraz biskup Zbigniew Oleśnicki. Z XV stulecia pochodzi wolnostojąca dzwonnica.