Ilustracje astronomiczne Maria Clara Eimmart jest znana przede wszystkim ze swoich rysunków, odwzorowujących z dużą dokładnością fazy Księżyca. Prace wykonywała na bazie własnych obserwacji teleskopowych. Używała jasnych pasteli na ciemnoniebieskim kartonie. W latach 1693–1698, Eimmart wykonała 350 rysunków faz Księżyca (według innych danych – 250). Kolekcja ta posłużyła do zilustrowania książki jej ojca pt. Micrographia stellarum phases lunae ultra 300.
W 1706 roku wykonała dwa rysunki z obserwacji w dniu 12 maja całkowitego zaćmienia Księżyca. Powstały także ilustracje przedstawiające komety i planety.
Nieliczne prace przetrwały do naszych czasów. Dwanaście prac podarowała Luigi Ferdinando Marsiliemu, współpracownikowi jej ojca. Dziesięć innych rysunków przetrwało w Bolonii, razem z trzema mniejszymi studiami na brązowym papierze. Większość jej szkiców znajduje się w Petersburgu.
Niektórzy badacze uważają, że Maria Clara opublikowała w 1701 roku pod nazwiskiem ojca pracę o tytule Ichnographia nova contemplationum de sole.